Dù đạt nhiều thành tựu, "Hải Vương 2" vẫn tồn tại một số điểm hạn chế. Một số khán giả cho rằng cốt truyện quá phức tạp, nhiều tuyến truyện phụ chưa được khai thác triệt để. Ngoài ra, nhịp phim ở một vài đoạn trở nên chậm, đặc biệt là trong phần giữa, khiến cảm giác kéo dài không cần thiết.Dù mô phỏng rất tốt, nhưng cảm giác khi đứng dưới nắng, mùi bùn đất, gió sông... vẫn là những yếu tố chưa thể tái hiện đầy đủ trong mô