Mặc dù có tiềm năng lớn, nhưng hệ sinh thái Lagoon Vĩ Đại đang chịu nhiều sức ép nghiêm trọng. Việc khai thác quá mức nguồn lợi thủy sản, phát triển nuôi trồng không bền vững, ô nhiễm từ nông nghiệp và sinh hoạt, cũng như lấn chiếm mặt nước làm ao hồ nuôi tôm đã làm suy giảm nghiêm trọng chất lượng môi trường đầm phá.Hiện tại, công tác quản lý Lagoon Vĩ Đại còn manh mún, thiếu sự phối hợp giữa các ngành và địa phương. Chư