Mặc dù Sông Chao Phraya mang lại nhiều giá trị quan trọng cho Thái Lan, nhưng con sông này cũng phải đối mặt với nhiều thách thức về môi trường. Tình trạng ô nhiễm nguồn nước từ các chất thải công nghiệp và sinh hoạt của các thành phố lớn ven sông, đặc biệt là Bangkok, đang gây ra những tác động tiêu cực đến hệ sinh thái của con sông này. Các loài cá và động vật thủy sinh trong sông cũng bị ảnh hưởng bởi chất thải độc hại