Thế kỷ XV đến XVI là thời kỳ chiến tranh liên miên giữa các lãnh chúa phong kiến – được gọi là thời kỳ Sengoku (Chiến quốc). Đây là giai đoạn đẫm máu nhưng cũng là thời kỳ hoàng kim của Samurai. Các Samurai trở thành công cụ chính trong các cuộc chiến tranh giành quyền lực giữa các daimyo.Việc khai thác gỗ trái phép và mở rộng đất nông nghiệp đã khiến diện tích rừng bị thu hẹp nghiêm trọng, dẫn đến khủng hoảng nơi cư trú